​Amino asitler, canlı hücrelerini oluşturan proteinlerin yapıtaşı olan moleküllerdir. Doğada 200 çeşidin üzerinde amino asit bulunur. Ancak bunların arasından sadece 20 çeşit amino asit canlılardaki proteinleri oluşturur. 20 amino asit çeşidinden "belirli amino asitler"in, "belirli sıralarda" dizilerek kimyasal bağlarla birbirlerine bağlanmaları sonucunda farklı fonksiyon ve özelliklere sahip proteinler oluşur. En basitleri yaklaşık 50 amino asitten oluşan proteinlerin binlerce amino asitten oluşan çeşitleri de vardır. Proteinlerin yapılarındaki tek bir amino asitin bile eksilmesi veya yerinin değişmesi ya da zincire fazladan bir amino asit eklenmesi, o proteini işe yaramaz bir molekül yığını haline getirir. Bu nedenle her amino asit, tam gereken yerde, tam gereken sırada yer almalıdır. Hayatın rastlantılarla oluştuğunu öne süren evrim teorisi ise bu düzenliliğin tesadüfen nasıl oluştuğunu kesinlikle açıklayamaz.

Amerikalı jeolog William Stokes, bir evrimci olmasına rağmen, Essentials of Earth History (Yeryüzü Tarihinin Esasları) adlı kitabında bu gerçeği kabul ederken, "eğer milyarlarca yıl boyunca, milyarlarca gezegenin yüzeyi gerekli amino asitleri içeren sulu bir konsantre tabakayla dolu olsaydı bile yine (protein) oluşamazdı" diye yazar. (W.R. Bird, The Origin of Species Revisited, Nashville: Thomas Nelson Co., 1991, s.305)

Science News dergisinin Ocak 1999 sayısında yayınlanan bir makalede ise, amino asitlerin nasıl olup da proteinleri oluşturduğuna hala hiçbir açıklama getirilemediği şöyle belirtilmektedir:

Hiç kimse şimdiye kadar nasıl olup da geniş çapta dağılmış yapıtaşlarının proteinlere dönüştüğünü tatmin edici bir şekilde açıklayamamıştır. İlkel dünyanın varsayılan koşulları amino asitleri yalıtılmış bir yalnızlığa doğru sürükleyecek şekildedir. (Sarah Simpson, "Life's First Scalding Steps", Science News, 155(2), 9 January 1999, s.25)

Laboratuvar koşullarında, bilinçli müdahalelerle yapılan deneylerde dahi, proteinler için gerekli olan amino asitler üretilememektedir. Bu konuda yapılan deneyler ya başarısızlıkla sonuçlanmıştır, ya da Miller Deneyinde olduğu gibi deney esnasında birçok geçersiz metoda başvurulmuştur. Miller, deneyinde, ilkel atmosferde bulunmayan maddeleri kullanmış ve ilkel atmosferde bulunmayan ortamlar oluşturmuştur. Bunun sonucunda oluşan amino asitler de, canlıların proteinlerinin yapısında bulunmayan sağ-elli amino asitlerdir. (bkz. Miller Deneyi) Daha amino asitlerin tesadüfen nasıl oluştuklarını açıklayamayan evrimciler, bu amino asitlerin ilkel dünya koşullarında tesadüfen oluştuklarını ve tesadüfen en doğru amino asitlerin, en doğru sayıda, en doğru sıralama ile dizilerek proteinleri meydana getirdiklerini iddia ederler. Bu konu evrim teorisinin en büyük açmazlarından biridir. (bkz. Protein)