​Canlıların döllenmeyle oluşan zigot evresinden (döllenmiş yumurta halinden) erişkin bir canlı oluncaya kadar geçirdiği gelişim aşamalarını inceleyen bilim dalıdır. Fakat embriyoloji kavramı, daha çok hayvan embriyolarının gelişimini inceleyen biyoloji dalı olarak kullanılır.

18. yüzyıla kadar embriyoloji, bilgiden çok spekülasyona dayanıyordu. Bunun nedeni, genetik biliminin henüz keşfedilmemesi ve hücrenin daha tanınmamasıydı. O dönemde genel olarak teori şöyle kabul ediliyordu: Başlangıçta hayvanın tümü bütün organlarıyla bir minyatür halindeydi ve bunun sadece bir çiçek gibi açılmaya ihtiyacı vardı. Birçok natüralist bu başlangıç halinin kadının üreme hücresi olan yumurtada bulunması gerektiğini savundular. Fakat mikroskobun erkek üreme hücresi olan spermi ortaya çıkarmasından sonra, bir kısım bilim adamları 1677'de dölü spermin taşıdığı hipotezini geliştirdiler.

Çok önceleri Aristo tarafından da ortaya atılan bu teori, bireyin özelleşmiş yapılarının, yumurtada önceden özelleşmemiş olanlardan kademe kademe geliştiğini öne sürmekteydi.(http://ş.encarta.msn.com/find/Concise.asp?z=1&pg=2&ti=761566073) Bundan sonra da embriyoloji alanında yapılan çalışmalar daha çok evrime delil olarak öne sürüldü. Fakat yapılan çizimlerin ve yorumların bir sahtekarlık olduğunun anlaşılması ile günümüzde durum tersine dönmüştür ve embriyolojik incelemeler de canlıların birbirine uyumlu olarak mükemmel bir sistemle yaratıldıklarını göstermektedir. (bkz. Embriyolojik Evrim )