​İlkel atmosfer terimi dünyanın oluştuğu ilk dönemlerde yeryüzünü saran atmosferi tanımlamak için kullanılır. Evrim teorisi savunucuları, uzun yıllar ilkel atmosferin, canlıların yapıtaşlarını oluşturabilecek organik bileşimlerin sözde kendiliğinden oluşabilmesine imkan sağlayacak bir karışımdan meydana geldiğini savundular. Evrimciler ilkel atmosferi oluşturan gaz karışımının amonyak, metan, hidrojen ve su buharından oluştuğunu varsaymaktaydılar. Bu varsayıma dayanarak canlılığın yapıtaşları olan amino asitleri sentezlemeye yönelik pek çok deney yaptılar. Bu deneylerdeki amaç, ilkel atmosfer şartlarını laboratuvar ortamında sağlayarak, bu ortamda amino asit moleküllerini sentezleyebilmekti. Bu deneylerin göz boyamadan öte evrimi destekleyen hiçbir yönü yoktu. Çünkü herşeyden önce söz konusu ortam her açıdan kontrollü bir laboratuvar ortamıydı. Böyle bir laboratuvar ortamında amino asit sentezi yapmanın, ilkel dünyanın kontrolsüz, düzensiz ve şiddetli tahrip edici ortamında amino asitlerin kendiliğinden oluşmasıyla hiçbir benzer yönü yoktu.

İlkel atmosfer deneyleri adı verilen bu serinin en meşhuru "Miller Deneyi" adı verilen deneydir. Stanley Miller bu deneyde amino asitlerin "tesadüfen" oluşabileceklerini göstermek için ilkel dünya atmosferine benzer yapay bir ortam hazırladı. Bunun için de ilkel atmosferde bulunduğunu varsaydığı -daha sonraları ise bulunmadığı anlaşılacak olan- amonyak, metan, hidrojen ve su buharını bir deney düzeneğinde reaksiyona soktu. Bu deney sonucunda birkaç amino asit türünü sentezledi. (bkz. Miller Deneyi) Ne var ki, sonraki yıllarda yapılan araştırmalar Miller'in ilkel atmosferde bulunduğunu var saydığı gaz karışımının gerçeği yansıtmadığı ortaya koydu. İlkel atmosferde bulunduğu anlaşılan karbondioksit, azot gibi gazların ise amino asitleri ve diğer organik bileşikleri oluşturmaya kimyasal olarak elverişli olmadıkları görüldü. Ünlü evrimci bilim dergisi Earth 1998'in Şubat Ayı'nda yayınlanan "Yaşamın Potası" başlıklı makalede bu gerçeği şöyle itiraf etmiştir:

Bugün Miller'ın senaryosu şüphelerle karşılanmaktadır. Bir nedeni, jeologların ilkel atmosferin başlıca karbondioksit ve azottan oluştuğunu kabul etmeleri. Bu gazlar ise 1953'teki deneyde (Miller Deneyinde) kullanılanlardan çok daha az aktifler. Kaldı ki, Miller'ın farz ettiği atmosfer var olmuş olabilseydi bile, amino asitler gibi basit molekülleri çok daha karmaşık bileşiklere, proteinler gibi polimerlere dönüştürecek gerekli kimyasal değişimler nasıl oluşabilirdi ki? Miller'ın kendisi bile, problemin bu noktasında ellerini ileri uzatıp, "bu bir sorun" diyerek şiddetle iç çekmekte, "polimerleri nasıl yapacaksınız? Bu o kadar kolay değil..." (Earth, “Life’s Crucible”, Şubat 1998, s.34.)

Görüldüğü gibi, Miller'ın kendisi dahi bugün deneyinin, yaşamın kökenini açıklama adına bir anlam ifade etmediğinin farkındadır. National Geographic'in Mart 1998 Sayısı'ndaki, "Yeryüzündeki Yaşamın Kökeni" başlıklı makalede ise, konuyla ilgili şu satırlara yer verilir:

Pek çok bilim adamı bugün, ilkel atmosferin Miller'ın öne sürdüğünden farklı olduğunu tahmin ediyor. İlkel atmosferin, hidrojen, metan ve amonyaktan çok, karbondioksit ve azottan oluştuğunu düşünüyorlar. Bu ise kimyacılar için kötü haber! Karbondioksit ve azotu tepkimeye soktuklarında elde edilen organik bileşikler oldukça değersiz miktarlarda. Koca bir yüzme havuzuna atılan bir damla gıda renklendiricisiyle aynı oranda bir yoğunlukta... Bilim adamları, bu derece seyrek çözeltideki bir çorbada hayatın ortaya çıkmasını hayal etmeyi bile güç buluyor. (National Geographic, “The Rise of Life on Earth”, Mart 1998, s.68)

Kısacası, ne Miller Deneyi ne de başka herhangi bir evrimci çaba, yeryüzünde hayatın nasıl oluştuğu sorusunu cevaplayamamaktadır. Tüm araştırmalar, hayatın rastlantılarla ortaya çıkmasının imkansızlığını ortaya koymakta ve böylece hayatın yaratılmış olduğunu göstermektedir.