​Sürüngen-kuş evrimi senaryosunu imkansız kılan nedenlerden biri, kuş akciğerinin evrimle açıklanamayan özgün yapısıdır.

Kara canlılarının akciğerleri "çift yönlü" bir yapıya sahiptir: Nefes alma sırasında hava, akciğerdeki dallanmış kanallar boyunca ilerler ve küçük hava keseciklerinde durur. Oksijen-karbondioksit alışverişi burada gerçekleştirilir. Ancak daha sonra, kullanılmış olan bu hava, tam ters yönde hareket eder ve geldiği yolu izleyerek akciğerden çıkar, ana bronş yoluyla da dışarı atılır.

Kuşlarda ise hava, akciğer kanalı boyunca "tek yönlü" hareket eder. Akciğerlerin giriş ve çıkış kanalları birbirlerinden farklıdır ve bu kanallar boyunca uzanan özel hava kesecikleri sayesinde hava daimi olarak akciğer içinde tek yönlü olarak akar. Bu sayede kuş, havadaki oksijeni kesintisiz olarak alabilir. Böylece kuşun yüksek enerji ihtiyacı karşılanmış olur. "Avien akciğer" olarak bilinen bu özel solunum sistemi, Avustralya'daki Otega Üniversitesi'nden moleküler biyolog Michael Denton, tarafından şöyle anlatılmaktadır:

Kuşlarda ana bronş, akciğer dokusunu oluşturan tüplere ayrılır. "Parabronş" olarak adlandırılan bu tüpler sonunda tekrar birleşerek, havanın akciğerler boyunca tek bir yönde devamlı akımını sağlayacak sistemi meydana getirirler... Kuşlardaki akciğerlerin yapısı ve genel solunum sisteminin çalışması tümüyle kendine özgüdür. Kuşlardaki bu "avien" sistemi başka hiçbir omurgalı akciğerinde bulunmaz. Bu sistem bütün kuş türlerinde aynıdır. (Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis, Burnett Books Limited, London, 1985, ss. 210-211)

Önemli olan, çift yönlü hava akışına sahip olan sürüngen akciğerinin, tek yönlü hava akışına sahip olan kuş akciğerine evrimleşmesinin imkansız oluşudur. Çünkü bu iki akciğer yapısının arasında kalacak bir "geçiş" modeli mümkün değildir. Bir canlı yaşamak için sürekli nefes almak zorundadır ve akciğer yapısının baştan aşağı değişmesi, ara aşamalarda mutlak ölümle sonuçlanacaktır. Kaldı ki bu değişiklik evrim teorisine göre milyonlarca yılda kademe kademe gerçekleşmelidir. Oysa çok iyi bilindiği gibi akciğeri çalışmayan bir canlı birkaç dakikadan fazla yaşayamaz.

Micheal Denton A Theory in Crisis (Kriz İçinde Bir Teori) adlı kitabında, kuş akciğerinin kökenine evrimci bir açıklama getirmenin imkansızlığını şöyle belirtir:

Böyle tamamen değişik bir solunum sisteminin azar azar küçük değişiklerle standart omurgalı dizaynından evrimleşmiş olduğu iddiası, düşünülmeden ortaya atılmış bir tezdir. Solunum faaliyetinin bu evrim süresince hiç aksamadan korunması, organizmanın hayatını sürdürmesi için gereklidir. En küçük bir eksik fonksiyon ölümle sonuçlanacaktır. Kuş akciğeri de, içinde dallanmış olan parabronşlar ve bu parabronşlarda hava sağlanmasını garanti eden hava kesesi sistemi ile birlikte en üst düzeyde gelişmiş olana kadar ve beraberce, iç içe geçmiş mükemmel bir şekilde işlevini yapana kadar, bir solunum organı olarak görev yapamaz. (Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis, Burnett Books Limited, London, 1985, ss. 211-212.)

Kısacası, kara tipi akciğerden hava tipi akciğere geçiş, ara geçiş safhasında bulunan bir akciğerin hiçbir işlevselliğinin olmaması nedeniyle mümkün değildir.

Bu konuda belirtilmesi gereken ikinci nokta, sürüngenlerin diyaframlı, kuşların ise diyaframsız bir solunum sistemine sahip olmasıdır. Bu farklı yapı da, yine iki akciğer tipi arasında gerçekleşecek bir evrimi imkansız kılar. Solunumsal fizyoloji alanında otorite sayılan John Ruben, bu konuda şu yorumu yapar:

Theropod bir dinozorun kuşlara evrimleşmesi, diyaframında ciddi bir handikap oluşmasını gerektirecektir, ama bu durum canlının nefes alma yeteneğini çok kritik bir biçimde sınırlayacaktır... Buna neden olabilecek bir mutasyonun seçici bir avantaj sağlaması imkansız görünmektedir. (Ruben, J. A., T. D. Jones, N. R. Geist, and W. J. Hillenius, "Lung Structure And Ventilation in Theropod Dinosaurs and Early Birds", Science, vol. 278, s. 1267.)

Kuş akciğerinin evrime meydan okuyan bir diğer özelliği, hiçbir zaman havasız kalmayan ve kaldığında "çökme" tehlikesiyle karşılaşan ilginç yapısıdır. Michael Denton bu konuyu da şöyle açıklar:

Bu denli farklı bir solunum sisteminin, standart omurgalı dizaynından nasıl evrimleşmiş olabileceğini düşünmek neredeyse imkansızdır. Özellikle de solunum sisteminin çalışır halde korunmasının bir organizmanın yaşamı için ne kadar zorunlu olduğu düşünüldüğünde. Dahası, avien akciğerinin kendi özgü form ve fonksiyonu, daha bir çok özelleşmiş adaptasyonu gerektirecektir... Çünkü öncelikle, avien akciğeri vücut duvarlarına sıkıca tutturulmuştur ve hacim olarak genişlemesi mümkün değildir. Öte yandan, akciğerdeki hava tüplerinin çok dar yarıçapları ve bunların içindeki herhangi bir sıvının yüksek yüzey gerilimi nedeniyle, avien akciğeri, diğer omurgalıların aksine, kendi içinde çökmüş bir durumdan alınıp yeniden havayla doldurulamaz... (Bu yüzden) Kuşlarda, akciğerin içindeki hava kesecikleri, diğer omurgalıların aksine, hiçbir zaman boşaltılmaz. Aksine ciğerler ilk gelişmeye başladıkları andan itibaren (embriyo aşamasında) daima ya sıvıyla ya da havayla doludurlar. (Michael J. Denton, Nature's Destiny, Free Press, New York, 1998, s. 361.)

Elbette ki, sürüngenlerin ve diğer omurgalıların akciğerlerinden tamamen farklı olan ve olağanüstü derecede hassas dengelere dayanan bu sistem, evrimin iddia ettiği gibi bilinçsiz mutasyonlarla kademe kademe gelişmiş olamaz. Denton, kuş akciğerinin bu yapısının Darwinizm'i geçersiz kıldığını şöyle ifade etmektedir:

Kuş akciğeri, bizleri, Darwin'in "eğer birbirini takip eden çok sayıda küçük değişiklikle kompleks bir organın oluşmasının imkansız olduğu gösterilse, teorim kesinlikle yıkılmış olacaktır" şeklindeki meydan okuyuşuna cevap vermeye götürmektedir. (Michael J. Denton, Nature's Destiny, Free Press, New York, 1998, ss. 361-362)